University Hospital Basel

Quand un hôpital à la pointe de la technologie utilise le Big Data pour combattre le cancer et d’autres maladies complexes

Basel University

En s’appuyant sur Scality RING, l’hôpital universitaire de Bâle utilise le Big Data pour developer des thérapies personnalisées.

Imaginez un monde dans lequel chaque individu bénéficierait d'une prise en charge médicale et de traitements adaptés à son propre patrimoine génétique. Au lieu de lutter contre des maladies comme le cancer avec des stratégies globales, les médecins seraient capables de les combattre telles qu'elles se manifestent chez chaque patient, via des thérapies précisément ciblées pour optimiser les résultats positifs et réduire les effets secondaires négatifs.

C’est le monde dans lequel l’hôpital de Basel (USB) aimerait vivre et se bat pour au quotidien. 

Figurant parmi l'une des cinq structures similaires en Suisse, l'hôpital universitaire de Bâle (en allemand : Universitätsspital Basel, USB) est un pionnier dans les procédures médicales avancées depuis plus de 150 ans. Ainsi, grâce à ses vastes capacités de prise en charge clinique et de recherche, l'USB a été l'un des premiers hôpitaux universitaires à réaliser avec succès une greffe de rein. Il s'engage à présent dans la lutte contre le cancer en appliquant des technologies telles que l'intelligence artificielle à des quantités phénoménales de données, afin d'aider les chercheurs à développer des traitements d'immunothérapie personnalisés.

  • “L'hôpital universitaire s'engage à placer l'être humain et ses besoins au cœur de toutes ses activités, depuis la prévention jusqu'aux soins palliatifs. Aujourd'hui, les données sont un élément absolument vital de notre travail.” 

     

    Markus Müller RESPONSABLE DE LA GESTION DU DATACENTER, UNIVERSITY HOSPITAL BASEL

Le défi

Afin que les médecins puissent poser des diagnostics plus rapides et précis, et que les chercheurs puissent développer des thérapies révolutionnaires pour traiter le cancer et d'autres maladies, ils doivent pouvoir accéder à des quantités massives de données sur de très longues périodes, des décennies voire une vie entière. Le Big Data adresse de nombreux aspects, depuis les données médicales personnelles et les séquences génomiques jusqu'aux images radiologiques et même les vidéos des procédures chirurgicales. Elles doivent être archivées en toute sécurité et accessibles à tout moment dans le futur.

Pour Markus Müller, le défi était de trouver une façon de gérer les divers systèmes de stockage et d'archivage correspondant aux différents types de données et d'applications source, comme la tomographie par ordinateur (CT) ou l'imagerie par résonance magnétique (IRM). Le processus fastidieux consistant à localiser les informations requises puis à les extraire du système concerné ralentissait les chercheurs et gênait les médecins dans le diagnostic des cas complexes.

Partant du constat que les médecins et chercheurs ont besoin d'accéder à toutes les données de chaque patient — depuis la période prénatale jusqu'à la fin de vie —, Markus Müller a conclu à la nécessité de refondre l'infrastructure d'archivage et de stockage de l'hôpital universitaire. Les systèmes de fichiers traditionnels sur lesquels son organisation se basait depuis longtemps n'étaient plus adaptés. Ces systèmes étaient limités à un volume de 300 Go, alors que la quantité de données provenant du service de pathologie et d'autres laboratoires a explosé pour atteindre des centaines de téraoctets ces dernières années.

Markus Müller a alors envisagé la possibilité d'y remédier en élaborant une archive médicale centrale, sorte de cloud privé librement accessible par tous les services de l'USB.

Recognizing that doctors and researchers want access to all data on every individual from pre-natal to the end of their lives, Müller needed to take a fresh look at the university hospital’s storage and archiving infrastructure. The traditional file systems that his organization had long relied on were no longer adequate. Those systems had volume limits of 300 GB and the amount of data coming from departments like pathology and other laboratories had exploded to hundreds of terabytes in recent years.

Müller saw an opportunity to resolve this situation by building a central medical archive as a private cloud that is universally accessible across all areas of the university hospital.

  • “Nous disposons des données radiologiques, des données génétiques brutes, ainsi que des échantillons de tissus pour l'histopathologie, numérisés par des robots. Nous cherchions une solution pour archiver des Big Data de tous types dans des conditions sécurisées tout en les rendant universellement accessibles. ” 

    MARKUS MÜLLER, HEAD OF DATA CENTER MANAGEMENT, UNIVERSITY HOSPITAL BASEL

Le résultat

Après une évaluation attentive des différentes options proposées, Markus Müller et son équipe ont retenu Hewlett Packard Enterprise (HPE) et sa solution de stockage en cloud privé en partenariat avec Scality. L'USB a ensuite déployé Scality RING sur des systèmes HPE Apollo 4510 au sein de trois datacenters du campus de l'hôpital universitaire.

La solution Scality RING fournit un socle pour l'archive médicale universelle envisagée par Markus Müller, avec la possibilité de stocker, de protéger et de sécuriser tous les types de données, des images radiologiques et données cliniques aux vidéos et aux images numérisées à partir des dossiers médicaux physiques des patients. Elle est de plus capable d'évoluer quasiment sans limites par l'ajout direct de nœuds de stockage à l'archive universelle.

  • “Nos clients internes de l'hôpital universitaire insistent pour que les données ne soient pas supprimées et qu'elles soient conservées pendant 10 ans, 20 ans ou au-delà. L'avantage de Scality RING réside dans la possibilité d'étendre facilement le système en ligne une fois la capacité maximale atteinte.” 

    Markus Müller, head of data center management, University Hospital Basel

Alors que les quantités de données collectées augmentent de jour en jour, les chercheurs de l'USB disposent de tous les outils pour façonner l'avenir de la médecine personnalisée et améliorer les conditions de santé et de bien-être des individus dans le monde entier. De son côté, Markus Müller est déterminé à faire en sorte que les données soient préservées et facilement accessibles pour soutenir leur mission.

  • “HPE et Scality m'ont soulagé du problème de l'archivage des données ; ils ont éliminé ce souci. Et toute chose dont je n'ai plus à me soucier est une bonne chose.” 

    Markus Müller, head of data center management, University Hospital Basel